Mặc dù Tư Mã Dịch đã trưởng thành song ông không có quyền lực thực sự, phần lớn các quyết định nằm trong tay Hội Kê vương Tư Mã Dục, song bản thân Tư Mã Dục không phải là có thể hoàn toàn tự ý đưa ra các quyết định do vị tướng Hoàn Ôn nhiều khi cũng áp đặt quyết định của mình cho triều đình.

Ngay lập tức sau khi Tư Mã Dịch lên ngôi, thành Lạc Dương trọng yếu đã rơi vào tay Tiền Yên, do cái chết của Ai Đế nên quân cứu viện đã không thể được gửi đi.

Cuối năm 365, tướng Tư Mã Huân (司馬勳), thứ sử Lương Châu (梁州, nay là phía nam Thiểm Tây) đã nổi loạn, nhưng đã bị đánh bại, bị bắt giữ rồi xử tử vào năm 366.

Vào mùa hè năm 366, Dữu Hoàng hậu qua đời. Tư Mã Dịch sau đó không lập một hoàng hậu nào khác trong suốt thời gian ông trị vì.

Năm 369, Hoàn Ôn đã phát động một cuộc tấn công lớn chống lại Tiền Yên, tiến mọi đường đến vùng lân cận kinh đô của Tiền Yên là Nghiệp thành, song ông đã do dự trong việc tiến hành một trận quyết định vào Nghiệp thành, và rồi sau đó bị đánh bại trước Mộ Dung Thùy và quân Tiền Tần cứu viện.

Hoàn Ôn có tham vọng tiếm quyền và có ý định biểu dương sức mạnh của mình thông qua việc thảo phạt Tiền Yên song đến khi chiến dịch thất bại, sau đó ông ta đã quyết định thể hiện quyền lực theo một cách khác. Ông âm mưu cùng thân tín Si Siêu (郗超) hăm dọa mọi người bằng cách phế truất Tư Mã Dịch. Tuy nhiên, vị hoàng đế này luôn thận trọng khi trị vì và không có bất kỳ lỗi lầm lớn nào, do vậy Hoàn Ôn đã cố tạo ra một thứ. Ông ta đã lan truyền tin đồng rằng Hoàng đế bị liệt dương và không thể có con, các con trai mà Hoàng đế có với Điền mỹ nhân và Mạnh mỹ nhân trên thực tế là con trai ruột của những người mà ông ban đặc ân là Tương Long (相龍), Kế Hảo (計好), và Chu Linh Bảo (朱靈寶), các tin đồn thậm chí còn ám chỉ về việc có quan hệ nam sắc giữa Hoàng đế và ba người này. Sau đó Hoàn Ôn đế kinh thành và đe dọa Trử Thái hậu để buộc bà phải ban hành một chiếu chỉ mà ông ta đã soạn sẵn để truất phế Tư Mã Dịch. Ông đưa Tư Mã Dục lên ngôi, trở thành Giản Văn Đế. Phế Đế bị giáng xuống làm Đông Hải vương, tước hiệu mà ông đã giữ trong hầu hết cuộc đời. Hoàn Ôn cho xử tử Điền mỹ nhân và Mạnh mỹ nhân cùng ba con trai của họ. Ông cũng tàn sát các gia tộc có nhiều quyền lực là Ân và Dữu.